תחום האחסון בלוגיסטיקר הוא חוליה משמעותית בשרשרת האספקה. כל המחסנים מנוהלים בסטנדרטים הגבוהים ביותר, תוך שימוש במערכות אחסון ייחודיות ומערכות מחשוב מתקדמות לשליטה ובקרת מלאי. כל אתרי האחסנה של החברה מנוהלים בכפוף לנהלי בטיחות מחמירים ומאובטחים ברמה הגבוהה ביותר. במחסני ערובה הסמוכים לנמל אשדוד, מעניקה לוגיסטיקר שירותי בונדד הכוללים שירותים לוגיסטיים למשלוחי יבוא מפריקתם מהאוניה ועד הגעתם ללקוח. במסוף המכולות של החברה בעורף נמל אשדוד מספקת לוגיסטיקר שירותי אחסון מכולות.

מערכות מידע מתקדמות מאפשרות ניהול מלאי ומחסן מדויקים, אמינים ויעילים במיוחד. ניהול המחסן מתבצע באמצעות מערכת WMS מודרנית. ניהול המלאי מתבצע באיתורים לפי FIFO, FEFO, אצוות ייצור וניהול סריאליים. בלוגיסטיקר דואגים לבצע עיתוד מלאי וספירות מלאי תקופתיות ומתגלגלות ובכך מבטיחים יעילות מקסימלית בתכנון המלאי וחיסכון רב ללקוח. ממשקים וקישורים למערכות המידע של הלקוח מאפשרים שקיפות מלאה בעבודה מולו.

במסגרת השאיפה למצוינות והצבת סטנדרטים גבוהים עבור לקוחותיה, תוכננה עבור חברת לוגיסטיקר תוכנה ייחודית המאפשרת ליקוט ההזמנות במגוון אמצעים ושיטות, ביניהם מסופונים, מלקטות חשמליות,ליקוט בשיטת Pick by Item וחלוקה באמצעות ממיינת אוטומטית. התוכנות המתקדמות והמערכות המשוכללות מביאות לקיצור זמן השירות הניתן וכמובן מבטיחות חיסכון משמעותי בזמן ועלויות עבור הלקוח.

כחלק מאספקת כל מגוון השירותים לאורך שרשרת האספקה של לקוחות החברה מתבצעת קליטת החזרות מלקוחות הקצה שעיקרן פריקה, מיון וקליטה מחשובית למלאי. בהתאם לצרכי לקוחותינו מתבצעות פעילויות שונות ומגוונות של החזרה לשמישות כגון : אריזה מחדש , תיקונים שונים , הסרה והדבקת מדבקות/תוויות וכדו'